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藥用植物與食品保健學系創立於民國111年8月1日，其前身為藥用植物與保健學系(民國96年8月1日)及食品暨應用生物科技學系(民國91年8月1日)攜手合作。111年分為「中藥保健組」及「食品科學組」分組招生，其中「食品科學組」課程設計使學生符合報考專技高考「食品技師」資格。目前學系專任教師師資計有教授5名、副教授7名、助理教授4名、行政助理1名。

學系有大學部、碩士班與博士班完整學制。

教師產學研究能量豐沛，教學研究空間與設備齊全，可帶領學生學習專業實務操作技巧與專題研究製作。 透過教師產學合作並配合業師協同教學，以提供學生產業資訊、實習與就業機會，在學期間即可累積實務經驗。

學生實習場地有植物化學教學實驗室、生命科學實驗室、專業美容教室、經絡推拿與芳療特色教室、生技產學研發中心、保健食品研發動物試驗中心、乙丙級食品檢驗分析證照輔導場地、丙級製茶考場、生技產品實習工廠、細胞培養室、精密儀器分析實驗室及各老師之專業實驗室等，由師徒導師帶領學生進行專題製作，使同學實務操作技巧大幅提升。

學系優質學習場域獲得社團法人台灣評鑑協會專業學門教育認證，大學部、碩士班、博士班皆通過評鑑，通過期間自110年3月至115年2月。許多傑出系友在國內外業界嶄露頭角，同時也多方回饋及協助教學活動。

學系也鼓勵學生微型創業，目前由學生創業的公司有大葉物魚坊、明珠茶園、苗廣豐生技等，也頻頻獲得教育部、科技部與國際創新發明大會的肯定而獲獎。